En mayo de 1999 iniciaron una serie de reuniones  un grupo de profesionales de distintas especialidades para reflexionar,  compartir información y  experiencias en torno a  la difícil situación de niños, mujeres, comunidades de nuestro País, especialmente en el campo educativo, en salud y  desarrollo comunitario entre otros.

Después de varios encuentros el 16 de Agosto de 1999 este grupo de profesionales  motivados, comprometidos y con una misma vocación decide conformar una ONG de modo a contribuir de una manera organizada al desarrollo social del Paraguay, brindando y promoviendo oportunidades para mejorar la calidad de vida de la población en general.

Desde los inicios, los programas de FortaleSer se focalizaron en la atención de las necesidades más prioritarias en las áreas de Salud, Educación y Desarrollo Social.